Уже зарекомендовавшее себя сотрудничество с членами РАН будет продолжено, но несколько в иной форме. На базе лабораторий, которые предполагается реорганизовать, сотрудники университета и РАН будут работать сообща.
Предполагается также «децентрализовать» существующую систему управления, отказаться от традиционной иерархии «ректор – декан — завкафедры» и перейти на систему «школа — кафедра». Это поможет более эффективно управлять исследовательской и образовательной деятельностью университета, умело распределять финансирование. В существующей ситуации все это является обязанностью ректора, который физически не может управлять таким огромным учебным заведением.
В рамках децентрализации большие полномочия также отдадут руководителям кафедр, которые будут определять направление научной деятельности своей структуры, редактировать и предлагать свои образовательные программы.