Основная разница в строке обучения. И в количестве полученных знаний. Это схоже с школой где, 1-8 класс это бакалавриат, а 9-11 это магистратура.
Диплом бакалавра подтверждает то что вы имеете научную степень и получили высшее образование(бакалавриат) закончив некий вуз в котором вы учились. Так же бакалавриат дает вам право проложить обучения и получить степень магистра, что является углублением в научную сферу что вы изучали. Таким образом можно сказать что магистратура цениться выше. Поскольку это следующая ступень, за изучение которой вы сможете приступить только получив степень бакалавра.
Следует отметить, что дальнейшее обучение не обязательно и для работы по специальности как правило не требуется. Но если вы захотите преподавать или пойти дальше по стопам ученого тогда магистратура обязательна.